O fungo pode afetar as plantas em qualquer estádio de desenvolvimento. Em plântulas observa-se murcha, podendo ou não haver tombamento, folhas amarelecem e secam, as raízes e a região do colo apresentam-se necrosadas. As plantas maiores podem perder o vigor, paralisar o crescimento, murchar e secar. Provoca apodrecimento, principalmente podridão da raiz. Às vezes, a planta pode emitir novas raízes acima da região necrosada e consegue recuperar-se.

No caso da murcha de Fusarium observa-se ainda a presença de estrias avermelhadas no feixe vascular da raiz e do colo da planta (quando cortado longitudinalmente), indicando a colonização do fungo.