Apresenta basicamente três tipos de sintoma: mosaico, necrose sistêmica ou lesões locais. O mosaico forma mancha verde-claro e verde-escuro com rugosidades e/ou enrolamento das folhas. Estas folhas, frequentemente, são menores que as folhas sadias. Os folíolos das plantas podem apresentar-se com formato mais alongado que o das plantas normais.

Plantas infectadas apresentam folhas enrugada, com algumas bolhas e com mosaico distribuído irregularmente sobre o limbo foliar. Observa-se atraso na maturação e é comum encontrar plantas verdes no meio de plantas já amadurecidas. Geralmente genótipos suscetíveis produzem sementes com manchas marrons ou pretas, de acordo com a cor do hilo.

Os sintomas e sinais externos visíveis na planta são a presença de lesões encharcadas nos órgãos afetados, de coloração parda e consistência mole, com mofo branco, de aspecto cotonoso, cobrindo porções dos tecidos. Na cultura da soja, a fase mais vulnerável à infecção vai da floração plena (R2) ao início da formação de vagens (R3/R4).

Os sintomas são observados em reboleiras, com plantas pequenas e amareladas. As folhas das plantas afetadas às vezes apresentam manchas amareladas ou necrosadas entre as nervuras, caracterizando a folha “carijó”. 

Nas raízes das plantas atacadas observam-se galhas em número e tamanho variados, dependendo da suscetibilidade da cultivar e da densidade populacional do nematóide no solo. No interior das galhas, estão localizadas as fêmeas do nematóide. Estas possuem coloração branco-pérola e têm o formato de pêra.

Os sintomas nas folhas são pontuações pardas, menores que 1 mm de diâmetro, que evoluem e formam manchas com halos amarelados e centros de contornos angulares, de coloração parda na face superior da folha e rosada na face inferior, medindo de 1 a 3 mm de diâmetro. Em infecções severas, causa desfolha e maturação precoce.

Os sintomas começam com pequenas manchas nas folhas, não translúcidas, de cor verde-amarelada. As manchas tornam-se necróticas com um halo amarelo ao redor. Com o passar do tempo, elas aumentam de tamanho, podendo se juntar e tomar conta de toda superfície foliar. Inicialmente, na parte de baixo da folha existe uma elevação esbranquiçada bem no meio da mancha, essa característica possibilita a diferenciação do crestamento bacteriano que causa sintomas semelhantes.

Observa-se manchas negras nas nervuras das folhas, nas hastes e nas vagens. Em plântulas pode causar morte por estrangulamento da haste. Pode haver queda total das vagens ou deterioração das sementes quando há atraso na colheita. 

As vagens infectadas nos estádios R3-R4 adquirem coloração castanho-escura a negra e ficam retorcidas; nas vagens em granação, as lesões iniciam-se por estrias encharcadas e evoluem para manchas negras. As partes infectadas geralmente apresentam várias pontuações negras que são as frutificações do fungo (acérvulos).

Manchas verde intenso cercadas por áreas de verde mais claro ou amarelado. Sintomas são mais evidentes na base das folhas e nas lâminas foliares. Pode tornar as folhas avermelhadas e até provocar morte.

A planta apresenta o chicote, uma modificação do colmo que é induzida pelo fungo. O chicote pode ter tamanho variável e pode chegar a mais de 1m. Ao romper-se a película que recobre a estrutura é possível visualizar uma massa de coloração preta que corresponde ao fungo. Antes de emitirem o chicote, as plantas apresentam folha mais estreita e curta com manchas amareladas. Os colmos são mais finos e com manchas escuras. Algumas variedades podem apresentar galhas, proliferação de gemas e vassoura-de-bruxa.

O principal sintoma é o aparecimento de lesões vermelhas na nervura central da folha. Com o desenvolvimento da doença as lesões ficam com o centro mais claro. O tamanho é variável, mas em folhas velhas pode atingir toda a extensão da nervura. As bainhas das folhas de cor palha ficam com superfície recoberta de pontuações negras, que correspondem a estruturas do fungo. Pode causar morte de gemas e redução na germinação. Na parte interna dos colmos causa uma podridão vermelha que dá nome a doença.